SMK Merotai Besar, Tawau ditubuhkan pada awal tahun
1980. Penubuhan SMK Merotai Besar ini adalah atas cadangan Kementerian
Pelajaran untuk memberi peluang kepada pelajar-pelajar yang bersekolah di
kawasan terpencil dan tercicir kerana tidak dapat menyambung ke sekolah
menengah Bandar di Tawau. Pada tahun 1980 hanya terdapat 106 murid dan empat
orang guru termasuk pengetua. Pelajar-pelajar ini datangnya dari empat buah
sekolah rendah sekitar Kg. Merotai Besar iaitu SK. Merotai Besar, SRK. Merotai
Kecil, SRK. Kuala Merotai dan SRK. Tiger.
Ketika ditubuhkan, bangunan sekolah ini hanya
menumpang di SK. Merotai Besar dan menjalankan sesi persekolahan pada waktu
petang. Pada awal 1981, satu tinjaun telah dilakukan oleh Kementerian Pelajaran
untuk membina bangunan sekolah sendiri. Pada awal tahun 1982, bangunan ini
telah dibina. Pembinaan tersebut melibatkan dua blok bangunan sekolah dua
tingkat, tiga blok flat kediaman guru, satu blok rumah perkerja (4 unit), satu
rumah pengetua, padang sekolah dan sebuah gelanggang bola keranjang.
Menjelang bulan April 1984, bangunan sekolah telah
mula digunakan. Pada bulan Julai 1985, semua bangunan telah diserahkan kepada
pihak kontraktor kepada Jabatan Pelajaran, dan pada tahun ini juga pelajar
telah bertambah dan bilangan ketika itu ialah 325 orang murid manakala guru
pula seramai 17 orang. Kelas yang dibuka hanya dari tingkatan 1 hingga
tingkatan 3 sahaja.
Pada tahun 1985, penempatan di asrama telah mula
dibuka dan seramai 125 orang pelajar telah dipilih untuk tinggal di asrama.
Pelajar-pelajar ini berasal dari penempatan yang jauh dari SMK Merotai Besar
iaitu Luasong, Kalabakan, Brumas, dan Wallace Bay. Pada tahun 1986, sebuah loji
penapis air telah dibuka khas untuk sekolah ini bagi mengatasi masalah sumber
air. Pada tahun ini juga, SMK Merotai Besar telah membuka kelas tingkatan 4
Aliran Sastera.
Sepanjang penubuhan SMK Merotai Besar, sekolah ini
mempunyai 11 orang pengetua iaitu :-
1980-1981
: En. Ismail Sulaiman
1981-1984
: En. Zainuddin Johari
1985-1988
: En. Kalazen Rabeka
1989-1991
: Pn. Sadiah Ibrahim
1992-1996
: En. Ismail Sulaiman
1996-1998
: Pn. Hjh Hapsah Ismail
1999-2000
: En. Lean Tek Beng (Memangku)
2000-2005
: Tn. Hj Mahamad Hj. Abdullah
2005-2007
: Pn. Hjh Arpah A. Kadir
2008-2013
: Pn. Jamirah Rahmad
2013-2015
: En. Abdul Rahman Kannan Abdullah
2015-Kini : En. Rabe Juhari
Sekolah ini juga telah muncul sebagai sekolah luar
bandar yang dapat dibanggakan. Ini dapat dibuktikan dari segi pencapaian
akademik dan kokurikulum yang semakin meningkat dari semasa ke semasa.
